AMBER生物分子动力模拟工作站配置推荐

时间:2019-11-14   来源:   网友评论:0   人气: 147 作者:

Amber是专门针对生物分子系统模拟而开发的分子动力学应用程序,AMBER 支持 GPU 加速,可运行显式溶剂 PME 和隐式溶剂 GB 模拟。AMBER 在NVIDIA GPU 上的运行速度比仅使用 CPU 的系统快 15 倍,从而使用户运行生物分子模拟的时间从几天缩短到几小时.

amber01.png


(一)Amber分子动力学模拟软件计算特点
Amber分子动力学模拟软件由AmberTools19和Amber18组成,其中:

AmberTools 19(开源的)是由几个独立开发的软件包组成,这些软件包可以单独使用,也可以与Amber18一起使用。该套件还可以用于使用显式水模型或广义Born溶剂模型进行完整的分子动力学模拟,包含:
• Sander:用于分子动力学模拟的主力程序,包括组合的量子力学/分子力学(QM / MM)功能,不支持GPU加速
• tleap and parmed:用于Amber模拟的基本准备工具
• NAB / sff:一种语言环境,用于编写专门处理分子结构的程序。基于分子力场计算和距离几何的建模
• antechamber和MCPB:创建用于一般有机分子和金属中心的力场的程序
• sqm:半经验和DFTB量子化学程序
• pbsa:执行Poisson-Boltzmann模型的数值解(支持GPU 加速)
• 3D-RISM:求解积分方程模型以进行溶剂化
• mdgx:一个主要通过参数拟合来突破Amber MD界限的程序。还包括可自定义的虚拟站点和显式的溶剂MD功能。
• cpptraj和pytraj:分析轨迹结构和动力学的工具
• MMPBSA.py和Amberlite:基于能量的MD轨迹分析

Amber18(商业版)软件包通过添加PMEMD程序在AmberTools18上构建,支持GPU加速,该程序类似于AmberTools中的sander(分子动力学)代码,但在多个CPU上提供了更好的性能,并在GPU上显着提高了速度。

关于GPU计算卡
支持显卡型号
游戏卡类:Titan RTX、RTX 2080Ti、RTX2080S、RTX2070S、RTX2060S
专业卡类:Titan V、Tesla V100、Quadro GV100

GPU卡求解规模

GPU型号

显存

最大原子数

Tesla V100

32GB

1120

Titan RTX

24GB

700

Quadro GV100

16GB

560

Tittan V

12GB

352

RTX2080Ti

11GB

330

RTX2080SRTX2070S

8GB

280

 

Amber GPU加速测试
dhfr_npt_4fs_amber18-650.png



dhfr_nve_4fs_amber18_cumulative650.png
 

 

(二)Amber分子动力模拟计算硬件配置推荐

NO

品牌与型号

配置规格

价格

备注

1

H380 15164-SATCX

8@5.1GHz / 64GB DDR4 /RTX2080Ti 11GB/960GB SSD系统盘 +4TB SATA企业级/塔式(750w)/23-高清图显

39900

超值型

2

AX400 146128-SATCT

10@4.6GHz / 128GB DDR4 /Titan RTX 24 /960GB SSD系统盘 +4TB SATA企业级/塔式(750w)/23-高清图显

68500

高性价比

3

AX400 143128-SBTD2T

16@4.3GHz / 128GB DDR4 /2*Titan RTX 24+NV-Link /1.9TB SSD系统盘 +6TB SATA企业级/塔式(2000w)/23-高清图显

105000

极致型

4

GX630M 226192-SBTD2T

2Xeon 5218处理器(32@2.6GHz / 192GB DDR4 /2*Titan RTX 24+NV-Link /1.9TB SSD系统盘 +6TB SATA企业级/塔式(2000w)/23-高清图显

119900

极致全能

5

GX630M 226192-SCTE4X

2Xeon 5218处理器(32@2.6GHz / 192GB DDR4 /4*RTX2080Ti 11 /3.84TB SSD系统盘 +8TB SATA企业级/塔式(2000w)/23-高清图显

123000

多用途

6

GX630M 226384-SCTE8X

2Xeon 5218处理器(32@2.6GHz / 384GB DDR4 /8*RTX2080Ti 11 /3.84TB SSD系统盘 +8TB SATA企业级/塔式(2000w)/23-高清图显

175000

极致多用途

 

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